Acordo na Classificação do Câncer de Mama entre Microarray e PCR Quantitativa em Tempo Real da Transcrição Reversa a partir de Tecidos Frescos Congelados e Fixados em Formalina, Embutidos em Parafina

FUNDAMENTAÇÃO: Estudos de microarray identificaram diferentes subtipos moleculares de câncer de mama com significância prognóstica. Para transitar essas classificações para o laboratório clínico, desenvolvemos um ensaio de PCR quantitativa em tempo real (qRT-PCR) para diagnosticar os subtipos biológicos do câncer de mama a partir de tecidos frescos congelados (FF) e fixados em formalina, embutidos em parafina (FFPE). MÉTODOS: Utilizamos dados de microarray de 124 amostras de mama como um conjunto de treinamento para classificar tumores em 4 subtipos moleculares já definidos: Luminal, HER2(+)/ER(-), semelhante ao basal e semelhante ao normal. Usamos os dados do conjunto de treinamento em 2 algoritmos diferentes baseados em centróides para prever a classe da amostra em 35 tumores de mama (conjunto de teste) adquiridos como tecidos FF e FFPE (70 amostras). Classificamos amostras com base em conjuntos de genes grandes e minimizados. Usamos o conjunto de genes minimizados em um ensaio de qRT-PCR em tempo real para prever o subtipo da amostra a partir dos tecidos FF e FFPE. Avaliamos o desempenho do conjunto de primers entre os métodos de aquisição utilizando várias medidas de concordância. RESULTADOS: Os algoritmos baseados em centróides estavam em completo acordo na classificação de tecidos FFPE pelo uso de qRT-PCR e do conjunto de genes "intrínsecos" minimizados (40 classificadores). Houve 94% (33 de 35) de concordância entre os algoritmos diagnósticos ao comparar a classificação do subtipo a partir de tecido FF pelo uso de microarray (conjunto de genes grande e minimizado) e dados de qRT-PCR. Descobrimos que a razão do SD diagonal para o intervalo dinâmico era o melhor método para avaliar a concordância em uma base gene a gene. CONCLUSÕES: Algoritmos baseados em centróides são classificadores robustos para atribuição de subtipo de câncer de mama em diferentes plataformas e condições de aquisição.