BactPepDB: um banco de dados de peptídeos preditivos de uma pesquisa exaustiva de genomas procarióticos completos

Com o recente progresso no sequenciamento de genomas completos, a mineração da crescente quantidade de informações genômicas disponíveis deve, em teoria, fornecer os meios para descobrir novas classes de peptídeos. No entanto, os pipelines de anotação muitas vezes não consideram pequenas estruturas de leitura que provavelmente serão expressas. BactPepDB, disponível online em http://bactpepdb.rpbs.univ-paris-diderot.fr, é um banco de dados que visa fornecer uma re-anotação exaustiva de todos os genomas procarióticos completos—DNA cromossômico e plasmidial—disponíveis no RefSeq para sequências codificadoras variando entre 10 e 80 aminoácidos. Os peptídeos identificados são classificados como (i) previamente identificados no RefSeq, (ii) sobrepostos a entidades (intragenicos) ou intergênicos, e (iii) potenciais pseudogenes—sequências intergênicas correspondendo a uma parte de um gene maior previamente anotado. Informações adicionais estão relacionadas a homólogos dentro da ordem, sequência sinal prevista, segmentos transmembrana, ligações ditiol, estrutura secundária e a existência de uma estrutura 3D relacionada no Banco de Dados de Proteínas. Como resultado, o BactPepDB fornece insights sobre peptídeos candidatos e oferece informações sobre sua conservação, juntamente com algumas de suas características biológicas/estruturais esperadas. A interface do BactPepDB permite pesquisar peptídeos candidatos no banco de dados ou pesquisar peptídeos semelhantes a uma consulta, de acordo com as múltiplas propriedades preditivas ou relacionadas à localização genômica. URL do banco de dados: http://www.yeastgenome.org/