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O carcinoma hepatocelular (CHC) é uma das principais causas de mortalidade por câncer em todo o mundo; biomarcadores moleculares que refletem a biologia tumoral associada ao vírus da hepatite B (HBV)/vírus da hepatite C (HCV) e preveem o prognóstico ou vulnerabilidades terapêuticas são necessários. A pesquisa é uma análise secundaria de dados públicos (análise de dados secundários) com base em dados do Gene Expression Omnibus (GEO) e do The Cancer Genome Atlas (TCGA) para identificar genes expressos diferencialmente (GEDs) comuns às bases de dados de CHC-HBV, CHC-HCV e CHC não viral. Enriquecimento de Gene Ontology (GO)/Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), análise de rede de interação proteína-proteína (PPI) e seleção de genes hub foram então realizados. A expressão diferencial, associação prognóstica, infiltração imunológica e correlações de sensibilidade a medicamentos também foram analisadas. Oitenta GEDs comuns (73 upregulados, 7 downregulados) foram identificados. A análise topológica de PPI revelou 53 genes hub; cinco genes TOP2A, RACGAP1, ASPM, CENPF e GPC3 foram priorizados e validados como significativamente upregulados em CHC hepático e associados a pior sobrevivência global. A deconvolução imune mostrou correlações positivas consistentes entre os genes hub e células B e subconjuntos de células T regulatórias, e correlações negativas com células T invariantes associadas à mucosa (MAIT), macrófagos e assinaturas de células natural killer (NK)/monócitos. A análise de correlação droga-gene revelou associações positivas de TOP2A e RACGAP1 com sensibilidade a inibidores de quinase ativada por mitógeno e correlações negativas com vários inibidores direcionados. Os genes hub identificados com prognóstico desfavorável em CHC associado ao HBV/HCV estão associados a um microambiente imunossupressor e a padrões de sensibilidade a medicamentos.
Tameshkel et al. (Mon,) estudaram essa questão.