Hibridação genômica comparativa baseada em oligonucleotídeos de humanos e camundongos

A hibridação genômica comparativa baseada em arrays é um método de alta resolução para medir alterações no número de cópias cromossômicas. Aqui apresentamos um protocolo validado usando bibliotecas de oligonucleotídeos impressas internamente para hibridação genômica comparativa (CGH). Esta plataforma de oligo array CGH produz resultados reproduzíveis e é capaz de detectar ganhos de cópias únicas, amplificações de múltiplas cópias, bem como deleções homozigóticas e heterozigóticas tão pequenas quanto 100 kb com alta resolução. Uma biblioteca de oligonucleotídeos humanos foi impressa em lâminas de ligação a amina. Os arrays foram hibridizados usando uma hybstation e analisados usando o software de extração de características BlueFuse, com >95% dos pontos passando no controle de qualidade. O protocolo permite apenas 300 ng de DNA de entrada e uma redução de 90% de DNA Cot-1 sem comprometer a qualidade. Resultados de alta qualidade também foram obtidos com DNA de tecido arquivado. Finalmente, além dos oligo arrays humanos, aplicamos o protocolo com sucesso a oligo arrays de camundongos. Acreditamos que esta plataforma baseada em oligo usando bibliotecas de oligo 'prontas para uso' oferece uma alternativa acessível aos arrays BAC para CGH, que é custo-efetiva, disponível em alta resolução e facilmente implementada para qualquer organismo sequenciado, sem comprometer a qualidade dos resultados.