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SEM ETIQUETA: Processos biológicos envolvem redes complexas de interações entre moléculas. Vários experimentos em larga escala e esforços de curadoria levaram a versões preliminares de redes celulares completas para vários organismos. Para lidar com essas redes, desenvolvemos o Yale Network Analyzer (tYNA), um sistema Web para gerenciar, comparar e minerar múltiplas redes, tanto direcionadas quanto não direcionadas. O tYNA implementa de forma eficiente métodos que se mostraram úteis na análise de redes, incluindo a identificação de cliques defeituosos, a procura por pequenos motifs de rede (como laços de retroalimentação), o cálculo de estatísticas globais (como o coeficiente de agrupamento e a excentricidade), e a identificação de hubs e gargalos. Também permite gerenciar um grande número de redes privadas e públicas utilizando um sistema de etiquetagem flexível, filtrando-as com base em uma variedade de critérios e visualizando-as através de uma interface gráfica interativa. Vários conjuntos de dados biológicos comumente utilizados foram pré-carregados no tYNA, padronizados e agrupados em diferentes categorias. DISPONIBILIDADE: O sistema tYNA pode ser acessado em http://networks.gersteinlab.org/tyna. O código-fonte, API JavaDoc e WSDL também podem ser baixados do site. O tYNA também pode ser acessado a partir do software Cytoscape usando um plugin.
Yip et al. (Qua,) estudaram essa questão.
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