HumanNet v2: redes de genes humanos para pesquisa sobre doenças

Redes de genes humanos têm se mostrado úteis em muitos aspectos da pesquisa sobre doenças, com inúmeras estratégias baseadas em redes desenvolvidas para gerar hipóteses sobre associações gene-doença-medicamento. A capacidade de prever e organizar os genes mais relevantes para uma doença específica tem se mostrado especialmente importante. Anteriormente, desenvolvemos uma rede funcional de genes humanos, HumanNet, integrando diversos tipos de dados ômicos utilizando um framework de estatísticas bayesianas e demonstramos sua capacidade de recuperar genes relacionados a doenças. Aqui, apresentamos o HumanNet v2 (http://www.inetbio.org/humannet), um banco de dados de redes de genes humanos, que foi atualizado incorporando novos tipos de dados, estendendo fontes de dados e melhorando algoritmos de inferência de redes. O HumanNet agora compreende uma hierarquia de redes de genes humanos, permitindo uma incorporação mais flexível das informações da rede em estudos. O HumanNet se destaca na classificação de conjuntos de genes associados a doenças com mínimos viéses dependentes da literatura. Observamos que a incorporação de interações proteína-proteína de organismos modelo não melhora significativamente as previsões de genes relacionados a doenças, sugerindo que muitas das associações de genes de doenças agora estão capturadas diretamente em conjuntos de dados derivados de humanos. Com uma interface de usuário interativa melhorada para análise de redes de doenças, esperamos que o HumanNet seja um recurso útil para a medicina de redes.