O dicionário PROSITE de sítios e padrões em proteínas, seu estado atual

PROSITE é uma compilação de sítios e padrões encontrados em sequências de proteínas; pode ser usado como um método para determinar a função de proteínas não caracterizadas traduzidas de sequências genômicas ou de cDNA. Em alguns casos, a sequência de uma proteína desconhecida é muito dist distantemente relacionada a qualquer proteína de estrutura conhecida para detectar sua semelhança por alinhamento de sequência geral, mas relações podem ser reveladas pela ocorrência em sua sequência de um determinado cluster de tipos de resíduos que é conhecido de várias maneiras como um padrão, motivo, assinatura ou impressão digital. Esses motivos surgem porque regiões específicas de uma proteína que podem ser importantes, por exemplo, para suas propriedades de ligação ou para sua atividade enzimática, são conservadas tanto em estrutura quanto em sequência. Esses requisitos estruturais impõem restrições muito rigorosas à evolução dessas pequenas, mas importantes, porções da sequência de uma proteína. O uso de padrões de sequência de proteínas para determinar a função de proteínas está se tornando rapidamente uma das ferramentas essenciais da análise de sequências. Essa realidade foi reconhecida por vários autores 1,2. Embora tenha havido uma série de revisões de padrões publicados 3,4,5, até recentemente não havia sido feita nenhuma tentativa. Com base nessas observações, decidimos em 1988, perseguir ativamente o desenvolvimento de um banco de dados de padrões que seria usado para buscar contra sequências de função desconhecida. Este banco de dados, chamado PROSITE, contém alguns padrões que foram publicados na literatura, mas a maioria foi desenvolvida nos últimos quatro anos pelo autor.