Um módulo de expressão gênica da resposta imune identifica um subtipo de bom prognóstico no câncer de mama negativo para receptor de estrogênio

FUNDAMENTO: Os espécimes de câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (RE) são predominantemente de alto grau, possuem mutações frequentes no p53 e são amplamente divididos em subtipos HER2-positivos e basocelulares. Embora a doença negativa para RE tenha, em geral, um prognóstico pior do que o câncer de mama positivo para RE, nem todos os pacientes com câncer de mama negativo para RE têm um desfecho clínico ruim. A identificação confiável de tumores negativos para RE que possuem um bom prognóstico ainda não é possível. RESULTADOS: Aplicamos um método de seleção de características recentemente proposto em uma análise integrativa de três conjuntos de dados de expressão de microarray para identificar subclasses moleculares e marcadores prognósticos no câncer de mama negativo para RE. Encontramos uma subclasse de tumores basocelulares, caracterizada pela superexpressão de genes da resposta imune, que tem um prognóstico melhor do que o restante dos cânceres de mama negativos para RE. Além disso, mostramos que, ao contrário dos tumores positivos para RE, a maioria dos marcadores prognósticos no câncer de mama negativo para RE está superexpressa no grupo de bom prognóstico e está associada à ativação de complementos e vias de resposta imune. Especificamente, identificamos um módulo de sete genes relacionado à resposta imune e mostramos que a regulação negativa desse módulo confere maior risco de metástase à distância (razão de risco 2.02, intervalo de confiança de 95% 1.2-3.4; P = 0.009), independentemente do status dos linfonodos e infiltração linfocítica. Além disso, validamos o módulo de resposta imune usando dois conjuntos de dados independentes adicionais. CONCLUSÃO: Mostramos que o câncer de mama basocelular negativo para RE é uma doença heterogênea com pelo menos quatro subtipos principais. Além disso, mostramos que a heterogeneidade no desfecho clínico do câncer de mama negativo para RE está relacionada à variabilidade nos níveis de expressão dos genes das vias de complemento e resposta imune, independentemente da infiltração linfocitária.