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A teoria atual é adequada para a tarefa de encontrar um alinhamento ótimo entre duas sequências de caracteres, como ácidos nucleicos. A maioria dos algoritmos atualmente em uso não consegue encontrar o alinhamento homólogo entre um conjunto de códons para a sequência de alfa e beta-hemoglobina de frango, quando pode ser descoberto por um tratamento mais geral de lacunas. Razões fundamentais para isso são discutidas.
Fitch et al. (Terça,) estudaram essa questão.