Mudanças na composição da comunidade durante culturas de diluição de bacterioplâncton marinho avaliadas por técnicas de citometria de fluxo e biologia molecular

Culturas de diluição são uma técnica comum para medir o crescimento de comunidades de bacterioplâncton. Neste estudo, a composição taxonômica de culturas de diluição de bacterioplâncton marinho foi acompanhada em amostras de água do Plymouth Sound e do Canal da Mancha (Reino Unido). As abundâncias bacterianas, bem como o conteúdo de proteínas e DNA, foram monitoradas de perto por citometria de fluxo. Eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) de fragmentos de 16S rDNA amplificados por reação em cadeia da polimerase (PCR) e hibridização in situ por fluorescência (FISH) foram aplicadas diretamente às amostras de água e a células selecionadas das culturas de diluição com base no seu conteúdo de proteínas e DNA. Como esperado, ocorreu uma rápida ativação das bactérias. No entanto, técnicas moleculares mostraram que a comunidade desenvolvida na cultura de diluição dentro de 1 dia era significativamente diferente daquela nas amostras de água originais. Enquanto nas amostras originais, as células detectáveis por FISH eram dominadas por membros do grupo Cytophagal Flavobacterium (CF), nas culturas de diluição, as gamma-proteobactérias representaram a maioria das células detectadas, seguidas pelas alpha-proteobactérias. Uma população em crescimento ativo e uma aparentemente não crescente, com conteúdos médios de proteína celular de 24 e 4,5 fg, respectivamente, foram selecionadas por citometria de fluxo. FISH indicou principalmente gamma- (64%) e alpha-proteobactérias (33%) na primeira fração ativa e 78% de membros do grupo CF na segunda fração. O sequenciamento das bandas de DGGE confirmou as atribuições de FISH dos dois últimos grupos. Os dados apresentados mostram claramente que mesmo experimentos de diluição de curto prazo não medem o crescimento in situ, mas sim padrões de crescimento de um enriquecimento. Além disso, foi demonstrado que a combinação de análise citométrica de fluxo e seleção combinada com a análise de FISH e DGGE apresentou um método bastante rápido para analisar a composição taxonômica de bacterioplâncton marinho.