FatiGO +: uma ferramenta de perfil funcional para dados genômicos. Integração de anotação funcional, motivos regulatórios e dados de interação com experimentos de microarray

O objetivo final de qualquer experimento em escala genômica é fornecer uma interpretação funcional dos dados, relacionando as informações disponíveis com as hipóteses que originaram o experimento. Assim, métodos de perfil funcional tornaram-se essenciais em diversos cenários, como experimentos de microarray, proteômica, etc. Apresentamos o FatiGO+, uma ferramenta baseada na web para o perfil funcional de experimentos em escala genômica, especialmente voltada para a interpretação de experimentos de microarray. Além de diferentes anotações funcionais (ontologia genética, vias KEGG, motivos Interpro, palavras-chave Swissprot e bioentidades relacionadas a doenças e compostos químicos baseadas em text-mining), o FatiGO+ inclui, como uma novidade, informações regulatórias e estruturais. As informações regulatórias utilizadas incluem previsões de alvos para distintos elementos regulatórios (obtidas a partir dos bancos de dados Transfac e CisRed). Além disso, o FatiGO+ utiliza previsões de motivos-alvo de miRNA para inferir quais desses podem ser ativados ou desativados na amostra dos genes estudados. Finalmente, propriedades dos produtos gênicos relacionadas à sua localização relativa e conexões no interatoma também foram utilizadas. Além disso, o enriquecimento de qualquer um desses termos funcionais pode ser analisado diretamente em coordenadas cromossômicas. O FatiGO+ pode ser encontrado em: http://www.fatigoplus.org e dentro do ambiente Babelomics http://www.babelomics.org.