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MOTIVAÇÃO: A análise de dados em escala genômica a partir de diferentes técnicas de alto desempenho pode ser utilizada para obter listas de genes ordenadas de acordo com seus comportamentos distintos sob condições experimentais diferentes que correspondem a diferentes fenótipos (por exemplo, expressão gênica diferencial entre amostras doentes e controles, resposta diferente a um medicamento, etc.). A ordem em que os genes aparecem na lista é uma consequência dos papéis biológicos que os genes desempenham dentro da célula, os quais, em escala molecular, explicam as diferenças macroscópicas observadas entre os fenótipos estudados. Tipicamente, dois passos são seguidos para entender os processos biológicos que diferenciam fenótipos em nível molecular: primeiro, genes com expressão diferencial significativa são selecionados com base em seus valores experimentais e, subsequentemente, as propriedades funcionais desses genes são analisadas. Em vez disso, apresentamos um procedimento simples que combina medições experimentais com informações biológicas disponíveis de forma que os genes sejam testados simultaneamente em grupos relacionados por propriedades funcionais comuns. O método proposto constitui uma ferramenta muito sensível para selecionar genes com comportamento diferencial significativo nas condições experimentais testadas. RESULTADOS: Propomos o uso de um método para escanear listas ordenadas de genes. O método permite entender os processos biológicos que operam em nível molecular por trás do experimento macroscópico do qual a lista foi gerada. Este procedimento pode ser útil em situações nas quais não é possível obter diferenças estatisticamente significativas com base nas medições experimentais (por exemplo, doenças de baixa prevalência, etc.). Dois exemplos demonstram sua aplicação em dois experimentos de microarray e o tipo de informação que pode ser extraída.
Al‐Shahrour et al. (Ter,) estudaram esta questão.