Filogenia das plantas com sementes inferida a partir dos três genomas de plantas: Monofilésia dos gimnospermas atuais e origem dos Gnetales a partir dos coníferos

As relações filogenéticas entre os cinco grupos de plantas com sementes atuais são, atualmente, bastante obscuras. Por exemplo, estudos morfológicos identificam consistentemente os Gnetales como o grupo-irmão atual das angiospermas (a chamada hipótese "antofitas"), enquanto vários estudos moleculares recuperam a monofiléia dos gimnospermas e poucos concordam com a colocação dos Gnetales baseada em morfologia. Para resolver melhor essas e outras questões não resolvidas, geramos um novo conjunto de dados moleculares de sequências de rRNA mitocondrial da subunidade pequena, e analisamos esses dados juntamente com conjuntos de dados comparáveis para o gene de rRNA nuclear da subunidade pequena e o gene do cloroplasto rbcL. Todas as análises nucleares alinham fortemente os Gnetales a um grupo monofilético de coníferos, enquanto todas as análises mitocondriais e aquelas análises de cloroplastos que levam em conta a saturação das transições da posição do terceiro códon realmente colocam os Gnetales dentro dos coníferos, como o grupo-irmão da Pinaceae. Análises combinadas de todos os três genes apoiam fortemente essa última relação, que, ao nosso conhecimento, nunca foi sugerida antes. As análises combinadas também apoiam fortemente a monofiléia dos gimnospermas atuais, com cicadófitas identificadas como o grupo basal mais antigo de gimnospermas, Ginkgo como o próximo basal, e todos os coníferos, exceto pela Pinaceae, como grupo-irmão do clado Gnetales + Pinaceae. De acordo com essas descobertas, os Gnetales podem ser vistos como coníferos extremamente divergentes, e as muitas semelhanças morfológicas entre angiospermas e Gnetales (por exemplo, fecundação dupla e estruturas reprodutivas semelhantes a flores) surgiram de forma independente.