A síntese de RNA mensageiro em células de mamíferos é catalisada pela forma fosforilada da RNA polimerase II.

As células de mamíferos contêm duas subespécies de RNA polimerase II, designadas IIO e IIA. Os objetivos destes estudos foram determinar a relação estrutural entre essas subespécies e determinar a importância funcional dessas diferenças. As subunidades IIo e IIa foram purificadas do timo de bezerro, e o efeito do tratamento com fosfatase alcalina na mobilidade eletroforética e reatividade imunoquímica foi examinado. A remoção de fosfato converte a subunidade IIo em uma forma indistinguível da subunidade IIa. Esses resultados indicam que a subunidade IIo é produzida pela fosforilação em múltiplos locais da subunidade IIa. A distribuição de fosfato dentro da subunidade IIo foi determinada pela clivagem de CNBr da RNA polimerase II marcada in vivo de células HeLa. A subunidade IIo marcada com 32P foi purificada por imunoprecipitação e clivada com CNBr, e os peptídeos resultantes foram analisados. A recuperação quantitativa de 32P no peptídeo C-terminal estabelece que este domínio é o principal local de fosforilação. Em um esforço para avaliar o nível de fosforilação da forma transcricionalmente ativa da RNA polimerase II nos núcleos de HeLa, a transcrição foi realizada na presença de trifosfato de 4-tiouracila e o transcrito marcado nascente foi interligado à RNA polimerase. O rotulamento fotossensível específico da subunidade IIo foi observado. O tratamento com fosfatase alcalina resulta em um aumento na mobilidade da subunidade IIo rotulada por fotoafinidade para se aproximar da subunidade IIa. Esses resultados indicam que a subunidade IIo é um componente da RNA polimerase II transcricionalmente ativa.