Um poderoso método não-homológico para a predição de operonas em procariontes

Resumo Motivação: A predição da organização da unidade de transcrição dos genomas é uma pista importante na inferência de relações funcionais entre genes, na interpretação e avaliação de experimentos de transcriptoma, e na inferência geral das redes regulatórias que governam a expressão dos genes em resposta ao ambiente. Embora vários métodos tenham sido desenvolvidos para prever operonas, a maioria precisa de uma alta caracterização do genoma analisado. Log-verossimilhanças derivadas de distribuições de distância intergênica funcionam surpreendentemente bem para prever operonas em Escherichia coli e estão disponíveis para qualquer genoma assim que os conjuntos de genes são previstos. Resultados: Aqui fornecemos evidências de que o mesmo método é aplicável a qualquer genoma procariótico. Primeiro, o método tem a mesma eficiência quando avaliado utilizando uma coleção de operonas experimentalmente conhecidas de Bacillus subtilis. Em segundo lugar, as operonas entre a maioria, se não todas, as espécies de procariontes parecem ter as mesmas tendências de manter distâncias curtas entre seus genes, sendo as distâncias mais frequentes as sobreposições de quatro e um pares de bases. A universalidade dessa característica estrutural nos permite prever a organização das unidades de transcrição em todos os procariontes. Terceiro, as operonas previstas contêm uma maior proporção de genes com perfis filogenéticos relacionados e conservação de adjacência do que as bordas previstas das unidades de transcrição. Informações complementares: Materiais e gráficos adicionais estão disponíveis em: http://www.cifn.unam.mx/moreno/pub/TUpredictions/ Contato: moreno@cifn.unam.mx Palavras-chave: genômica funcional; genômica comparativa; predição de operon; estrutura de operon. *Para o qual a correspondência deve ser dirigida.