O Portal de Modelos de Proteínas

A Genômica Estrutural tem sido bem-sucedida em determinar as estruturas de muitas proteínas únicas de forma rápida. No entanto, o número de sequências de proteínas conhecidas é muito maior do que o número de estruturas de proteínas resolvidas experimentalmente. Métodos de modelagem por homologia (ou comparativa) utilizam estruturas experimentais de proteínas para construir modelos para proteínas evolutivamente relacionadas. Assim, os esforços de determinação de estrutura experimental e a modelagem por homologia se complementam na exploração do espaço estrutural das proteínas. Um dos desafios em usar as informações de modelo de forma eficaz tem sido acessar todos os modelos disponíveis para uma proteína específica em formatos heterogêneos em diferentes sites usando vários sistemas de código de acesso incompatíveis. Muitas vezes, modelos de estrutura para centenas de proteínas podem ser derivados de uma dada estrutura determinada experimentalmente, utilizando uma variedade de métodos estabelecidos. Isso foi feito por todos os centros do PSI e por vários grupos independentes de modelagem. O objetivo do Portal de Modelos de Proteínas (PMP) é fornecer um único portal que dá acesso aos vários modelos que podem ser aproveitados a partir dos alvos do PSI e de outras estruturas experimentais de proteínas. Uma única interface permite que todos os modelos pré-computados existentes em diferentes sites sejam consultados simultaneamente e fornece links para serviços interativos para seleção de modelos, alinhamento alvo-modelo, construção de modelos e avaliação de qualidade. A versão atual do portal consiste em 7,6 milhões de estruturas de modelo fornecidas por diferentes recursos parceiros (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, Repositório SWISS-MODEL). O PMP está disponível em http://www.proteinmodelportal.org e na Base de Conhecimento em Genômica Estrutural do PSI.