Conjunto de dados padrão de microarranjos e figuras de mérito para comparar métodos de processamento de dados e desenhos experimentais

MOTIVAÇÃO: Há um nível muito grande e crescente de esforço para melhorar as plataformas, desenhos experimentais e métodos de análise de dados para perfilagem de expressão por microarranjos. Juntamente com uma crescente riqueza nas abordagens, há uma crescente confusão entre a maioria dos cientistas sobre como fazer comparações e escolhas objetivas entre elas para diferentes aplicações. Há uma necessidade de um quadro padrão para a comunidade de microarranjos comparar e melhorar métodos analíticos e estatísticos. RESULTADOS: Relatamos um conjunto de dados de microarranjos composto por 204 matrizes de oligonucleotídeos sintetizados in situ, cada uma hibridizada com amostras de cDNA de duas cores derivadas de 20 diferentes tecidos e linhas celulares humanas. O design dos aproximadamente 24.000 oligonucleotídeos de 60mer que reportam aproximadamente 2.500 genes conhecidos nas matrizes, e o design dos experimentos de hibridização, foram realizados de uma maneira que apoia a avaliação de desempenho de abordagens alternativas de processamento de dados e de desenhos experimentais e de matrizes alternativos. Também propomos figuras de mérito padrão para o sucesso na detecção de mudanças de expressão diferencial individual ou níveis de expressão, e para detectar semelhanças e diferenças em padrões de expressão entre genes e experimentos. Esperamos que este conjunto de dados e as figuras de mérito propostas forneçam um quadro padrão para grande parte da comunidade de microarranjos comparar e melhorar muitos métodos analíticos e estatísticos relevantes para a análise de dados de microarranjos, incluindo processamento de imagem, normalização, modelagem de erro, combinação de múltiplos repórteres por gene, uso de experimentos replicados e esquemas de referência de amostras em medições baseadas em mudança de expressão. DISPONIBILIDADE/INFORMAÇÕES SUPLEMENTARES: Dados de expressão e informações suplementares estão disponíveis em http: //www. rii. com/publications/2003/HESDS. htm