Previsão de locais de interação proteica: pontos quentes de ligação em interfaces proteína-proteína e proteína-ligante

MOTIVAÇÃO: Montagens proteicas estão atualmente mal representadas em bancos de dados estruturais e sua elucidação estrutural é um objetivo chave na biologia. Aqui analisamos fendas nas superfícies proteicas, que provavelmente correspondem a 'pontos quentes' de ligação, e as classificamos de acordo com a conservação da sequência e medidas simples de propriedades físicas, incluindo hidrofobicidade, dessolvatização, potenciais eletrostáticos e de van der Waals, para prever quais estão envolvidos na ligação no complexo nativo. RESULTADOS: As diferenças resultantes entre a previsão de locais de ligação em interfaces proteína-proteína e proteína-ligante são impressionantes. Há um alto nível de precisão na previsão (< ou = 93%) para interações proteína-ligante, com base nos seguintes atributos: potencial de van der Waals, potencial eletrostático, dessolvatização e conservação da superfície. Geralmente, a precisão da previsão para interações proteína-proteína é menor, com exceção de enzimas. Nossos resultados mostram que a facilidade de dessolvatização das fendas é fortemente preditiva de interfaces e se mantém fortemente em todas as classes de interfaces de ligação proteica.