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Descrevemos uma implementação completa de dinâmica molecular de proteínas de todos os átomos que roda inteiramente em uma unidade de processamento gráfico (GPU), incluindo todos os termos padrão do campo de força, integração, restrições e solvente implícito. Discutimos o design de nossos algoritmos e as otimizações importantes necessárias para aproveitar plenamente uma GPU. Avaliamos seu desempenho e mostramos que pode ser mais de 700 vezes mais rápido do que uma implementação convencional rodando em um único núcleo de CPU.
Friedrichs et al. (Terça,) estudaram esta questão.