Sequência nucleotídica e organização do genoma do vírus da febre aftosa

Uma sequência contínua de 7802 nucleotídeos abrangendo 94% do RNA do vírus da febre aftosa entre o traco poli(C) 5'-proximal e o poli(A) terminal 3' foi obtida a partir de cDNA clonado, e o tamanho total do genoma RNA foi corrigido para 8450 nucleotídeos. Um longo quadro de leitura aberta foi identificado dentro desta sequência começando cerca de 1300 bases a partir da extremidade 5' do genoma RNA e se estendendo até um códon de terminação a 92 bases de sua extremidade poliadenilada 3'. A sequência de proteínas de 2332 aminoácidos deduzida desta sequência codificadora foi correlacionada com a poliproteína 260 K do FMDV. Seus locais de processamento e doze proteínas virais maduras foram inferidos a partir de dados proteicos, disponíveis para algumas proteínas, uma especificidade de clivagem prevista de uma protease codificada pelo FMDV para ligações Glu/Gly(Thr, Ser), e homologias com proteínas relacionadas do poliovírus. Além disso, um curto quadro de leitura desvinculado de 92 códons foi identificado por homologia de sequência ao sinal de iniciação da poliproteína e por estudos de tradução in vitro.