CropGS-Hub: um banco de dados abrangente de recursos de genótipo e fenótipo para predição genômica em principais culturas

A quantidade explosiva de dados multi-ômicos trouxe uma mudança de paradigma tanto na pesquisa acadêmica quanto em sua aplicação nas ciências da vida. No entanto, gerenciar e reutilizar os crescentes recursos de dados genômicos e de fenótipo apresenta desafios consideráveis para a comunidade de pesquisa. Existe uma necessidade urgente de um banco de dados integrado que combine estudos de associação genômica (GWAS) com seleção genômica (GS). Aqui, apresentamos o CropGS-Hub, um banco de dados abrangente que compreende genótipo, fenótipo e sinais de GWAS, além de uma plataforma única com algoritmos integrados para predição genômica e design de cruzamento. Este banco de dados abrange uma coleção abrangente de mais de 224 bilhões de dados de genótipo e 434 mil dados de fenótipo gerados a partir de mais de 30.000 indivíduos em 14 populações representativas pertencentes a 7 espécies principais de culturas. Além disso, a plataforma implementou três módulos completos relacionados à seleção funcional genômica, incluindo predição de fenótipo, treinamento de modelo do usuário e design de cruzamento, bem como um plugin rápido de genotipagem de SNP chamado SNPGT especificamente construído para o CropGS-Hub, visando auxiliar cientistas agrícolas e melhoradores sem exigir habilidades de codificação. O CropGS-Hub pode ser acessado em https://iagr.genomics.cn/CropGS/.