Taxonomer: um portal interativo de análise metagenômica para detecção universal de patógenos e perfil de expressão de mRNA hospedador

FUNDAMENTO: O sequenciamento de alta capacidade permite o perfilamento imparcial de comunidades microbianas, a detecção universal de patógenos e a resposta do hospedeiro a doenças infecciosas. No entanto, os tempos de computação e as imprecisões algorítmicas dificultaram a adoção. RESULTADOS: Apresentamos o Taxonomer, uma ferramenta web ultrarrápida para análise abrangente de dados metagenômicos e visualização interativa de resultados. O Taxonomer é único por fornecer classificação integrada baseada em nucleotídeos e proteínas e perfilamento simultâneo de transcritos de RNA mensageiro (mRNA) do hospedeiro. Usando estudos de caso do mundo real, mostramos que o Taxonomer detecta infecções previamente não reconhecidas e revela perfis de expressão de mRNA antivirais do hospedeiro. Para facilitar o compartilhamento de dados através de distâncias geográficas em cenários de surto, o Taxonomer está publicamente disponível por meio de uma interface de usuário baseada na web. CONCLUSÕES: O Taxonomer possibilita análises rápidas, precisas e interativas de dados metagenômicos em computadores pessoais e dispositivos móveis.