Explorando a transcrição e a degradação do RNA in vivo usando química de clique

Descrevemos um método químico para detectar a síntese de RNA em células, baseado na incorporação biossintética do análogo de uridina 5-etiniluridina (EU) em RNA recém-transcrito, em média uma vez a cada 35 resíduos de uridina no RNA total. O RNA celular marcado com EU é detectado rapidamente e com alta sensibilidade usando uma reação de cicloadição catalisada por cobre (I) (frequentemente referida como química de "clique") com azidas fluorescentes, seguido pela imagem microscópica. Demonstramos o uso deste método em células cultivadas, nas quais examinamos a degradação do RNA em massa após pulsos de EU de diferentes comprimentos. Também usamos EU para medir as taxas de transcrição de vários tecidos em animais inteiros, tanto em seções quanto por coloração de montagem integral. Descobrimos que as taxas de transcrição total variam muito entre diferentes tecidos e entre diferentes tipos celulares dentro dos órgãos.