Análise de medições de mRNA correspondentes de duas tecnologias diferentes de microarray

MOTIVAÇÃO: A existência de várias tecnologias para medir a expressão gênica torna a questão do acordo entre medições de diferentes tecnologias um tema importante. A utilização cruzada de dados de diferentes tecnologias tem o potencial de reduzir a necessidade de duplicar experimentos, mas requer que as medições correspondentes sejam comparáveis. MÉTODOS: Foi realizada uma comparação das medições de mRNA de 2895 genes correspondentes em 56 linhas celulares do painel padrão de 60 linhas celulares cancerosas do National Cancer Institute (NCI 60), calculando a correlação entre medições correspondentes e a concordância entre clusters de duas tecnologias de microarray de DNA de alto rendimento, microarrays cDNA do tipo Stanford e microarrays de oligonucleotídeos da Affymetrix. RESULTADOS: De modo geral, as medições correspondentes das duas plataformas mostraram fraca correlação. Os clusters de genes e linhas celulares apresentaram discordâncias entre as duas tecnologias, sugerindo que as relações relativas dentro da tecnologia não foram preservadas. O conteúdo de GC, o comprimento da sequência, a intensidade média do sinal e um estimador de hibridização cruzada foram associados ao grau de correlação. Isso sugere fatores específicos do gene, ou mais corretamente, específicos da sonda, influenciando as medições de maneira diferente nas duas plataformas, implicando um mau prognóstico para uma ampla utilização das medições de expressão gênica entre plataformas.