Aptâmeros de Sinalização com Mudança de Estrutura

Aptâmeros são ácidos nucleicos de fita simples com estruturas terciárias definidas para ligação seletiva a moléculas-alvo. Aptâmeros também são capazes de ligar uma sequência de DNA complementar para formar uma estrutura duplex. Neste relatório, descrevemos uma estratégia para projetar repórteres fluorescentes baseados em aptâmeros que funcionam mudando estruturas de duplex DNA/DNA para complexo DNA/alvo. O duplex é formado entre um aptâmero de DNA rotulado com um fluoróforo e um pequeno olig nucleotídeo modificado com uma parte quencher (denotada como QDNA). Quando o alvo está ausente, o aptâmero se liga ao QDNA, aproximando o fluoróforo e o quencher para um máximo de supressão de fluorescência. Quando o alvo é introduzido, o aptâmero prefere formar o complexo aptâmero-alvo. A troca dos parceiros de ligação para o aptâmero ocorre em conjunto com a geração de um forte sinal de fluorescência devido à dissociação do QDNA. Aqui, relatamos a preparação de vários repórteres de mudança de estrutura a partir de dois aptâmeros de DNA existentes. Nossa estratégia de design é fácil de generalizar para qualquer aptâmero sem conhecimento prévio de sua estrutura secundária ou terciária, e deve ser adequada para o desenvolvimento de repórteres baseados em aptâmeros para aplicações de sensores em tempo real.