Acessibilidade de cromatina de célula única mapeada espacialmente

Ensaios epigenômicos de célula única de alto rendimento podem resolver a heterogeneidade de tipos celulares em tecidos complexos, no entanto, a orientação espacial é perdida. Aqui, apresentamos a indexação combinatória de célula única em Microbiopsias Atribuídas a Posições para o Assay for Transposase Accessible Chromatin, ou sciMAP-ATAC, como um método para perfilagem de estados de cromatina altamente escalável e resolvida espacialmente em células únicas. O sciMAP-ATAC produz dados de qualidade equivalente ao sci-ATAC não espacial e retém as informações de posição de cada célula dentro de uma região cúbica de 214 micrômetros, com até centenas de posições rastreadas em um único experimento. Aplicamos o sciMAP-ATAC para avaliar a laminação cortical no córtex somatossensorial primário adulto de camundongos e no córtex visual primário humano, onde produzimos trajetórias espaciais e integramos nossos dados com conjuntos de dados de acessibilidade de cromatina de célula única de RNA de núcleo único não espacial. Finalmente, caracterizamos a natureza progressiva espacial do infarto cerebral isquêmico no cérebro de camundongos utilizando um modelo de oclusão transitória da artéria cerebral média.