Codificação de barras de DNA e pirosequenciamento para identificar mutações raras de resistência a medicamentos para o HIV

O tratamento de indivíduos infectados pelo HIV com agentes antirretrovirais seleciona mutantes resistentes a medicamentos, resultando em falhas frequentes no tratamento. Embora as principais mutações de resistência antirretroviral sejam caracterizadas rotineiramente por sequenciamento de DNA, as falhas no tratamento ainda são comuns, provavelmente em parte porque mutações de resistência raras não detectadas facilitam a fuga viral. Aqui, combinamos codificação de barras de DNA e pirosequenciamento massivamente paralelo para quantificar mutações raras de resistência a medicamentos. Usando codificação de barras de DNA, conseguimos analisar sete populações virais em paralelo, caracterizando um total de 118.093 leituras de sequência com comprimento médio de 103 pb. A análise de uma mistura de controle do HIV mostrou que mutações de resistência presentes como 5% da população poderiam ser facilmente detectadas sem chamadas de falso positivo. Em três amostras de populações de HIV multirresistentes de pacientes, todas as mutações resistentes a medicamentos chamadas pela análise convencional foram identificadas, além de quatro mutações adicionais de resistência a medicamentos de baixa abundância, algumas das quais poderiam influenciar a resposta à terapia antirretroviral. Métodos para caracterização sensível de alelos de resistência ao HIV foram relatados, mas apenas o método de pirosequenciamento permite que todas as posições em risco de mutações de resistência a medicamentos sejam interrogadas profundamente para muitas populações de HIV em um único experimento.