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As relações filogenéticas de Scrippsiella sensu lato (incluindo táxons de cistos como Calcigonellum, Calciodinellum e Pernambugia) foram investigadas com base em sequências do RNA ribossômico 5.8S e dos Espacos Internos Transcritos ITS1 e ITS2, incluindo interpretações sobre morfologia e distribuição. Para atribuir importância à diversidade de cistos presente em dinoflagelados calcários, propõe-se uma segregação de Scrippsiella sensu lato em quatro grupos bem reconhecíveis e monofiléticos, correspondendo a unidades taxonômicas mais ou menos estabelecidas: (i) Calciodinellum (incluindo Calcigonellum e algumas espécies atribuídas a Scrippsiella), (ii) Pernambugia (presumivelmente incluindo Lebessphaera), (iii) S. precaria e S. ramonii, e (iv) Scrippsiella sensu stricto, abrangendo em grande parte o complexo de espécies S. trochoidea. As relações filogenéticas entre esses quatro grupos não estão suficientemente resolvidas. Dados moleculares sugerem a existência de numerosos táxons crípticos mostrando variação molecular, mas não morfológica (especialmente em Scrippsiella sensu stricto). Linhagens intimamente relacionadas possuem uma ampla faixa de distribuição e ocorrem (pelo menos em parte) simpátricamente em mares frios a tropicais do mundo.
Gottschling et al. (Sun,) estudaram esta questão.
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