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O crescente interesse na microbiota humana levanta algumas questões interessantes sobre a terminologia que usamos para descrever algumas das estruturas e estratégias empregadas por micróbios comensais e patogênicos para competirem nesses complexos ecossistemas biológicos. Por exemplo, todos os micróbios que chegam ao trato alimentar enfrentam a tarefa de sobreviver à passagem pelo estômago, lidando com bile, interagindo com o sistema imunológico, competindo com a microbiota estabelecida e obtendo nutrientes suficientes para se firmar nesse ambiente hostil. Não é surpreendente, então, que muitos micróbios gastrointestinais (tanto patógenos quanto comensais) usem estratégias semelhantes para superar os desafios associados a esse nicho biológico específico. Dado que muitas dessas estruturas e estratégias foram descobertas e caracterizadas em patógenos e porque frequentemente desempenham papéis importantes na instalação e manutenção de uma infecção, muitas vezes foram caracterizadas como fatores de virulência. Seria enganoso descrever as mesmas estratégias e estruturas encontradas em comensais inócuos como "fatores de virulência", uma vez que representam uma condição sine qua non para a vida no trato gastrointestinal. Pode ser hora de reconsiderar e referir-se a eles como "fatores de nicho", tanto em termos de fornecer precisão científica quanto à luz do crescente interesse em usar micróbios intestinais como probióticos, onde a distinção entre fatores de virulência e fatores de nicho provavelmente será muito importante do ponto de vista regulatório.
Colin Hill (Sun,) estudou essa questão.