Voronoia4RNA—um banco de dados de densidades de empacotamento atômico de estruturas de RNA e seus complexos

Voronoia4RNA (http://proteinformatics.charite.de/voronoia4rna/) é um banco de dados estrutural que armazena volumes atômicos pré-calculados, densidades de empacotamento atômico (PDs) e coordenadas de cavidades internas para atualmente 1869 RNAs e complexos RNA-proteína. As PDs atômicas são uma medida das interações de van der Waals. Regiões de baixa PD, contendo cavidades internas do tamanho de água, referem-se à flexibilidade ou compressibilidade da estrutura local. Moléculas de RNA formam o esqueleto de grandes maquinários moleculares, como ribossomos, ou formam estruturas menores e flexíveis, como ribosswitches. A riqueza de dados estruturais sobre RNAs e seus complexos permite a definição de conjuntos de dados representativos e a análise de suas características estruturais. Calculamos as PDs atômicas a partir de volumes atômicos determinados pelo método da célula de Voronoi e cavidades internas de maneira analítica por triangulação de Delaunay. Valores de PD interna de referência foram derivados de um subconjunto não redundante de átomos enterrados. A comparação dos valores de PD interna mostra que o RNA é mais densamente empacotado do que as proteínas. Finalmente, a relação entre tamanho da estrutura, resolução e PD interna das entradas do Voronoia4RNA é discutida. Estruturas de RNA, proteínas e seus complexos podem ser visualizadas pelo visualizador baseado em Jmol, Provi. Variações em PD são representadas por um código de cores. Cavidades internas são representadas por suas fronteiras moleculares ou esquematicamente como esferas.