Estrutura da proteína hipotética AQ₁354 de Aquifex aeolicus

A estrutura cristalina de uma proteína hipotética AQ₁354 (gi 2983779) proveniente da bactéria hipertermofílica Aquifex aeolicus foi determinada usando cristalografia de raios X. Como encontrado em muitos estudos de genômica estrutural, esta proteína não está associada a nenhuma função conhecida com base em sua sequência de aminoácidos. A análise PSI-BLAST contra um banco de dados de sequências não redundantes forneceu 68 sequências semelhantes referidas como 'proteínas hipotéticas conservadas' da família de proteínas não caracterizada UPF0054 (número de acesso PF02310). A análise cristalográfica revelou que a conformação geral desta proteína consiste em uma alfa-hélice central rodeada por uma folha beta de quatro cadeias e outras quatro alfa-hélices. A análise de homologia baseada em estrutura com DALI revelou que a estrutura tem uma semelhança moderada a boa com metaloproteinases dependentes de metal, como colagenases e gelatinasas, sugerindo assim sua possível função molecular. No entanto, testes experimentais para função do tipo colagenase e gelatina mostram nenhuma atividade detectável nas condições padrão de ensaio. Portanto, sugerimos que os membros da família UPF0054 têm uma conformação semelhante, mas funções bioquímicas diferentes das colagenases e gelatinas, ou que possuem uma função semelhante, mas a executam em condições diferentes.