O proteassoma do músculo esquelético pode degradar proteínas em um processo dependente de ATP que não requer ubiquitina.

O proteassoma (o complexo multicatalítico de endoproteinases) em tecidos mamíferos hidrolisa proteínas e vários tipos de peptídeos. Quando essa estrutura foi isolada rapidamente do músculo esquelético de coelho na presença de glicerol, suas várias atividades peptidásicas e protéicas mostraram uma grande ativação reversível por concentrações fisiológicas de ATP (Ka = 0,3-0,5 mM). A hidrolise de succinil-Leu-Leu-Val-Tyr-(4-metilcumaril-7-amida) foi estimulada em até 12 vezes pelo ATP, enquanto a degradação de caseína e albumina de soro bovino aumentou de 4 a 7 vezes. Nem ADP nem AMP tiveram efeito. CTP, GTP, UTP e os análogos não hidrolisáveis adenosina 5'-beta,gama-iminotriphosphato (AMPPNHP) e adenosina 5'-alpha,beta-metilenotriphosphato (AMPCH2PP) aumentaram a hidrolise de peptídeos assim como o ATP. No entanto, apenas o ATP estimulou a degradação de caseína e somente na presença de Mg2+. Assim, a ligação de nucleotídeos permite a ativação das funções peptidásicas, mas a hidrólise de ATP parece ser necessária para a degradação aumentada de proteínas. O efeito do ATP na proteólise foi reversível e não exigiu ubiquitina. A sensibilidade ao ATP foi labile, e com o armazenamento a 4 graus C a enzima tornou-se totalmente ativa na ausência de ATP ou Mg2+. A forma ativada por ATP se assemelha ao complexo de proteassoma descrito anteriormente, que não apresentou dependência de ATP: ambos têm massas moleculares de 650 kDa, contêm os mesmos 8-10 subunidades e são precipitados pelos mesmos anticorpos. Uma forma ativada por ATP semelhante foi encontrada no fígado de coelho, mas não em reticulócitos de coelho. O proteassoma parece representar uma atividade proteolítica estimulada por ATP, independente de ubiquitina, dentro de células nucleadas de mamíferos.