FLEXBAR—下一代测序平台的灵活条形码和适配器处理

定量与系统生物学方法受益于下一代测序所提供的前所未有的深度。典型实验产生数百万个短读段，这些读段通常携带特定的序列标签。这些标签可能是：(a) 特定于测序平台和文库构建方法（例如，适配器序列）；(b) 由实验设计引入（例如，样本条形码）；或 (c) 构成某些生物信号（例如，线虫中的剪接起始序列）。我们的软件FLEXBAR能够基于精确的重叠序列比对，实现对序列标签的准确识别、排序和修剪，具有最大的灵活性。该软件支持所有当前测序平台的数据格式，包括颜色空间读取。FLEXBAR维护读取配对，并根据需要处理单独的条形码读取。我们的软件便于对序列标签检测参数和搜索区域进行细致的调整。FLEXBAR是多线程软件，结合了速度和精确性。即使是复杂的读取处理场景也可以通过单一命令行调用执行。我们展示了该软件在读取映射应用、文库去重和剪接起始序列检测方面的实用性。FLEXBAR及其他信息可在网站上供学术使用：http://sourceforge.net/projects/flexbar/.