FASP与基于StageTip的分级结合允许对海马膜蛋白组进行深入分析

膜蛋白组学具有挑战性，因为所需的强去污剂与后续分析不兼容。最近，我们通过过滤辅助样本制备方法（FASP）展示了高效去除SDS。在这里，我们将FASP与我们之前描述的小规模膜富集协议相结合。对单只小鼠海马的分析使我们能够在单次LC-MS/MS运行中识别出超过1000种膜蛋白，而无需进行蛋白质或肽的预分级。为了扩展蛋白组覆盖范围，我们开发了一种在StageTip格式下简单的阴离子交换分级方法。在将肽分离成六个分级时，重复分析结果识别出4206种蛋白，其中64%为膜蛋白。该数据集覆盖了在艾伦脑图谱中识别的海马的83%谷氨酸和GABA受体亚基，并添加了进一步的异构体。该组合方法提供了一种快速和敏感的膜蛋白组映射的精简协议。我们还提供了一种结合FASP与基于StageTip的离子交换分级的通用协议，通常适用于蛋白组分析。