Key points are not available for this paper at this time.
Workflow-Engines werden mittlerweile häufig für Genom-Analyse-Workflows verwendet. Auf der anderen Seite gibt es nach wie vor Schwierigkeiten beim Erstellen und Ausführen dieser Workflows in verschiedenen Aspekten. Hier sind Beispiele für solche Schwierigkeiten: Wie entwickeln wir unsere Workflows in Workflow-Sprachen wie Common Workflow Language (CWL), Snakemake, Nextflow und anderen? Wie integrieren wir unsere Workflows mit Containern wie Docker, Singularity und Podman? Wie integrieren wir unsere Workflows mit Job-Schedulern wie Slurm und GridEngine? Unsere Gruppe hat diese Probleme mit den folgenden Aktivitäten gelöst. Zuerst haben wir mit anderen Gruppen zusammengearbeitet, um deren Workflows zu entwickeln und diese mit Containern zu integrieren. Zweitens haben wir Workflow-Ökosysteme entwickelt und verbessert, um die Hindernisse für die Entwicklung und Ausführung ihrer Workflows zu beseitigen. Zu den Ökosystemen gehören Workflow-Executor, Spezifikationen von Workflow-Sprachen und workflowbezogene Tools. Dieses Papier berichtet, was wir während des DBCLS BioHackathon 2024 gemacht haben.
Tanjo et al. (Sat,) studied this question.