Identifizierung neuer Subtypen von Brustkrebs basierend auf genverwandten vasculogenic mimicry und ein neues Modell zur Vorhersage der Prognose von Brustkrebs

Brustkrebs ist ein bösartiger Tumor, der eine ernsthafte Bedrohung für die Gesundheit von Frauen darstellt, und vasculogenic mimicry (VM) ist stark mit einer schlechten Prognose bei Brustkrebs assoziiert. Die Beziehung zwischen VM und immuner Infiltration bei Brustkrebs und die zugrunde liegenden Mechanismen wurden jedoch nicht vollständig untersucht. Basierend auf dem Cancer Genome Atlas (TCGA), der Datenbank des Fudan University Shanghai Cancer Center (FUSCC), der GSCALite-Datenbank und den Datensätzen der Gen-Set-Anreicherung (GSEA) untersuchten wir die potenzielle Beteiligung von VM-bezogenen Genen an der Entwicklung und dem Fortschreiten von Brustkrebs. Wir analysierten die differentielle Expression, den Mutationsstatus, den Methylierungsstatus, die Arzneimittelempfindlichkeit, die Tumormutationslast (TMB), die Mikrosatelliteninstabilität (MSI), die Immun-Checkpoints, die Tumormikroumgebung (TME) und die Infiltrationsniveaus der Immunzellen, die mit VM-bezogenen Genen bei Brustkrebs verbunden sind. Wir erstellten zwei VM-Subcluster aus Brustkrebspatienten mithilfe der Konsensus-Clusteranalyse und entdeckten, dass Patienten in Cluster 1 bessere Überlebensergebnisse im Vergleich zu denen in Cluster 2 hatten. Die Infiltrationsniveaus von T-Zellen CD4 Gedächtnisruhezustand und T-Zellen CD8 waren in Cluster 1 höher, was auf einen immunaktiven Zustand in diesem Cluster hinweist. Darüber hinaus wählten wir drei prognostische Gene (LAMC2, PIK3CA und TFPI2) mithilfe von Lasso, univariater und multivariater Cox-Regression aus und konstruierten ein Risikomodell, das in einem externen Datensatz validiert wurde. Die Prognose der Patienten ist stark mit einer aberranten Expression von VM-bezogenen Genen korreliert, was unser Wissen über das tumorimmunologische Milieu erweitert und es uns ermöglicht, bisher unbekannte Subtypen von Brustkrebs zu identifizieren. Dies könnte gezielte immuntherapeutische Ansätze entwickeln.