Beschreibung und Weitergabe molekularer Visualisierungen mit dem MolViewSpec-Toolkit

Zusammenfassung Mit dem ständig wachsenden Toolkit molekularer Viewer war die Fähigkeit, makromolekulare Strukturen zu visualisieren, noch nie so zugänglich. Dennoch stellen die eigenwilligen technischen Feinheiten der verschiedenen Tools und die Integrationskomplexitäten im Zusammenhang mit der Handhabung von Strukturannotierungsdaten erhebliche Hindernisse für die nahtlose Interoperabilität und steile Lernkurven für viele Benutzer dar. Die Notwendigkeit reproduzierbarer Datenvisualisierungen steht im Mittelpunkt der aktuellen Herausforderungen. Kürzlich haben wir MolViewSpec (Homepage: https://molstar.org/mol-view-spec/, GitHub-Projekt: https://github.com/molstar/mol-view-spec) eingeführt, einen Spezifikationsansatz, der molekulare Visualisierungen definiert und sie von den unterschiedlichen Implementierungsdetails der verschiedenen molekularen Viewer entkoppelt. Anhand der hier vorgestellten Protokolle zeigen wir, wie man MolViewSpec und seine Python-Bibliothek zum Erstellen von 3D-Ansichten verwendet, um anspruchsvolle, maßgeschneiderte 3D-Ansichten zu erstellen, die alle Standardmolekularvisualisierungen abdecken. MolViewSpec unterstützt Darstellungen wie Cartoon und Kugel-Stab mit Farbcodierung, Beschriftung und die Anwendung komplexer Transformationen wie Überlagerung auf jede makromolekulare Strukturdatei im mmCIF-, BinaryCIF- und PDB-Format. Diese Beispiele zeigen Fortschritte in Richtung Wiederverwendbarkeit und Interoperabilität der molekularen 3D-Visualisierung in einer Zeit, in der die Handhabung molekularer Strukturen im großen Maßstab eine zeitgerechte und dringende Angelegenheit in der strukturellen Bioinformatik sowie in der Forschung und Lehre in den Lebenswissenschaften ist. © 2024 Die Autoren. Aktuelle Protokolle veröffentlicht von Wiley Periodicals LLC. Grundprotokoll 1: Erstellen einer MolViewSpec-Ansicht mit dem MolViewSpec-Python-Paket Grundprotokoll 2: Erstellen einer MolViewSpec-Ansicht unter Bezugnahme auf MolViewSpec-Annotationsdateien Grundprotokoll 3: Erstellen einer MolViewSpec-Ansicht mit Beschriftungen und anderen erweiterten Funktionen Unterstützungsprotokoll 1: Berechnung von Rotations- und Translationsvektoren Unterstützungsprotokoll 2: Erstellen einer MolViewSpec-Annotationsdatei