Umfassende Multi-Omics-Analyse von Brustkrebs zeigt distinct langfristige prognostische Subtypen

Brustkrebs (BC) ist eine der häufigsten Ursachen für krebsbedingte Todesfälle weltweit. Die vielfältige Natur und die heterogene Biologie von BC stellen Herausforderungen bei der Überlebensvorhersage dar, da Patienten mit ähnlichen Diagnosen oft unterschiedlich auf Behandlungen reagieren. Klinisch relevante intrinsische Subtypen von BC wurden durch Genexpressionsprofilierung etabliert und kommen in der Klinik zum Einsatz. Während diese intrinsischen Subtypen eine signifikante Assoziation mit klinischen Ergebnissen zeigen, weicht ihre langfristige Überlebensprognose über 5 Jahre häufig von den erwarteten klinischen Ergebnissen ab. Diese Studie hatte zum Ziel, natürlich vorkommende langfristige prognostische Subgruppen von BC anhand einer integrierten Multi-Omics-Analyse zu identifizieren. Diese Studie umfasst eine klinische Kohorte von 335 unbehandelten BC-Patienten aus der Oslo2-Studie mit langfristiger Nachverfolgung (>12 Jahre). Die Multi-Omics-Faktoranalyse (MOFA+) wurde eingesetzt, um transkriptomische, proteomische und metabolomische Daten aus den Tumorgeweben zu integrieren. Unsere Analyse ergab drei auffällige Multi-Omics-Cluster von BC-Patienten mit signifikant unterschiedlichen langfristigen Prognosen (p = 0.005). Die Multi-Omics-Cluster wurden in zwei unabhängigen großen Kohorten, METABRIC und TCGA, validiert. Wichtig ist, dass für diese Kohorten kein prognostischer Zusammenhang zur langfristigen Nachverfolgung über 12 Jahre in den zuvor etablierten intrinsischen Subtypen gezeigt wurde. Durch einen systembiologischen Ansatz identifizierten wir unterschiedliche Anreicherungsgrade von Zellzyklus- und immunbezogenen Signalwegen in den prognostischen Clustern. Die integrierte Multi-Omics-Analyse von BC enthüllte drei distinct Cluster mit einzigartigen klinischen und biologischen Eigenschaften. Bemerkenswerterweise zeigten diese Multi-Omics-Cluster robuste Assoziationen mit dem langfristigen Überleben und übertrafen die etablierten intrinsischen Subtypen.