Tidy-Direct-to-MS: Eine Open-Source-Datenverarbeitungs-Pipeline für direkte massenspektrometriebasierte Metabolomics-Experimente

Direct-to-Mass Spectrometry und Techniken der Umgebungsionisation können für biochemisches Fingerprinting auf schnelle Weise genutzt werden. Die Datenverarbeitung erfolgt typischerweise mit von den Anbietern bereitgestellten Software-Tools. Hier wurde eine neuartige, Open-Source-Funktionalität mit dem Namen Tidy-Direct-to-MS entwickelt, um Datensätze von Direct-to-MS zu verarbeiten. Sie ermöglicht eine schnelle und benutzerfreundliche Verarbeitung unter Verwendung verschiedener Module für die optionale Erkennung und Trennung von Probenpositionen, die Erkennung und Korrektur von Driftverhältnissen, die Berechnung von Konsensspektren sowie die Rahmenbildung über Probenpositionen hinweg und die Berechnung der Merkmalsabundanz. Das Tool bietet auch eine Funktionalität für den automatisierten Vergleich verschiedener Parametersätze, wodurch der Benutzer bei der komplexen Aufgabe unterstützt wird, eine optimale Kombination zu finden, um die Gesamtzahl der detektierten Merkmale zu maximieren, während gleichzeitig die Detektion bereitgestellter Referenzmerkmale überprüft wird. Darüber hinaus verfügt Tidy-Direct-to-MS über die Fähigkeit zur Datenqualitätsprüfung und anschließenden Datenanalyse, was den Workflow von untargeted ambient MS-basierten Metabolomics-Studien vereinfacht. Tidy-Direct-to-MS ist in der Programmiersprache Python als Teil der TidyMS-Bibliothek implementiert und kann somit leicht erweitert werden. Die Fähigkeiten von Tidy-Direct-to-MS werden in einem Datensatz demonstriert, der in einer marinen Metabolomics-Studie, die in MetaboLights (MTBLS1198) berichtet wurde, unter Verwendung einer Übertragungsmodus-Direct Analysis in Real Time-Mass Spectrometry (TM-DART-MS)-basierten Methode erfasst wurde.