irGSEA: die Integration der rangbasierten Gengruppenanreicherung von Einzelzellen

Zusammenfassung irGSEA ist ein R-Paket, das entwickelt wurde, um die Ergebnisse verschiedener Methoden zur Bewertung von Gengruppen zu bewerten, wenn sie auf Daten von Einzelzell-RNA-Sequenzierung angewendet werden. Dieses Paket umfasst sechs verschiedene Bewertungsmethoden, die auf den Ausdrucksrängen von Genen basieren und relative Ausdrucksniveaus über absolute Werte stellen. Die implementierten Methoden umfassen AUCell, UCell, singscore, ssGSEA, JASMINE und Viper. Frühere Studien haben die Robustheit dieser Methoden gegenüber Variationen in der Datensatzgröße und -zusammensetzung demonstriert und Anreicherungswerte ausschließlich basierend auf dem relativen Genexpression einzelner Zellen generiert. Durch den Einsatz des robusten Rangaggregationsalgorithmus amalgamiert irGSEA die Ergebnisse aller sechs Methoden, um die statistische Signifikanz der Zielgengruppen über verschiedene Bewertungsmethoden hinweg zu bestimmen. Das Paket priorisiert Benutzerfreundlichkeit und ermöglicht eine direkte Eingabe von Expressionsmatrizen oder nahtlose Interaktion mit Seurat-Objekten. Darüber hinaus erleichtert es eine umfassende Visualisierung der Ergebnisse. Das irGSEA-Paket und die zugehörige Dokumentation sind auf GitHub verfügbar (https://github.com/chuiqin/irGSEA).