Bewertung verschiedener molekularer Systeme zur Detektion und Quantifizierung von SARS-CoV-2-RNA aus Abwasserproben

Die Abwasserepidemiologie hat sich als geeigneter Ansatz zur Verfolgung der Ausbreitung epidemischer Erreger einschließlich SARS-CoV-2-RNA erwiesen. Verschiedene Protokolle wurden für die quantitative Detektion von SARS-CoV-2-RNA aus Abwasserproben entwickelt, doch ist wenig über ihre Leistung bekannt. In dieser Studie verglichen wir drei Protokolle, die auf reverser Transkriptase-Real-Time-PCR (RT-PCR) basieren, und eines, das auf der Tropfen-Digital-PCR (ddPCR) basiert, zur Detektion von SARS-CoV-2-RNA aus 35 Abwasserproben. Insgesamt wurde SARS-CoV-2-RNA mit mindestens einer Methode in 85,7 % der Proben nachgewiesen, während 51,4 %, 22,8 % und 8,6 % mit zwei, drei oder allen vier Methoden positiv waren. Protokolle, die auf kommerziellen RT-PCR-Assays und auf Tropfen-Digital-PCR basieren, zeigten eine insgesamt höhere Empfindlichkeit im Vergleich zu einem hausinternen Assay. Der Einsatz von mehr als einem System, das auf verschiedene Gene abzielt, könnte helfen, die Nachempfindlichkeit zu erhöhen.