Einrichtung einer Abstammungsidentifikationsmethode für Seeigel Strongylocentrotus intermedius basierend auf SSR-seq-Technologie

Um eine Abstammungsidentifikationsmethode für Strongylocentrotus intermedius zu etablieren, wurden 15 Mikrosatellitenloci und die Sequenzierung von einfachen Sequenzwiederholungen (SSR-seq) verwendet, um die SSR-Sequenzierung und Typisierung der Validierungspopulation mit bekanntem Abstammungsinformation und der Simulationspopulation durchzuführen. Cervus v3.0 wurde für Genfrequenzstatistiken, simulierte Analysen und Abstammungsidentifikationsanalysen verwendet. Die Ergebnisse zeigten, dass in der Validierungspopulation unter Verwendung von 15 Mikrosatellitenloci die höchste Erfolgsquote für die Identifikation von Elterngruppen 86% betrug, die höchste Erfolgsquote für die Identifikation der weiblichen Eltern 93% und die höchste Erfolgsquote für die Identifikation der männlichen Eltern 90% betrug. Die Simulationspopulation wurde unter Verwendung von 12–15 Loci analysiert, und die Identifikationsrate betrug bis zu 90%. In Fällen, in denen eine genaue Abstammung nicht erreicht wurde, konnten Individuen genetische Ähnlichkeiten mit 1–3 männlichen oder weiblichen Eltern aufweisen. Individuen, die als ohne genetische Beziehung identifiziert wurden, können als Eltern ausgewählt werden, um Inzucht zu verhindern. Diese Studie zeigt, dass Elterngruppen oder einzelne Eltern der meisten Nachkommen erfolgreich mithilfe dieser 15 ausgewählten Loci identifiziert werden können. Die Ergebnisse legen eine Grundlage für die Einrichtung einer Abstammungsidentifikationsmethode für S. intermedius.