Nachverfolgung von Homopolymeren im Mitogenom von Oikopleura dioica

Oikopleura dioica ist ein planktonischer Tunicate (Klasse Appendicularia), der weit verbreitet in den marinen Gewässern der Erde vorkommt. Das Genom eines einzelnen männlichen Individuums, das in Okinawa, Japan, gesammelt wurde, wurde mit der Einzelmolekül-PacBio-Hohe-Fidelität-Methode sequenziert und mit NOVOLoci assembliert. Das Mitogenom hat eine Länge von 39.268 bp und weist eine große Kontrollregion von etwa 22.000 bp auf. Wir haben die Proteine atp6, cob, cox1, cox2, cox3, nad1, nad4 und nad5 annotiert und eine weitere offene Leserahmen gefunden, die keinem bekannten Gen entspricht. Diese Studie markiert die erste vollständige Mitogenom-Assemblierung für einen Appendicularia und zeigt, dass A- und T-Homopolymere kumulativ fast die Hälfte seiner Länge ausmachen. Diese Referenzsequenz wird ein Gewinn für Umwelt-DNA- und phylogenetische Studien sein.