T-ChIC: multi-omische Detektion von Histonmodifikationen und Volltexttranskripten in derselben Einzelzelle

Zusammenfassung Epigenetische Mechanismen, wie Histonmodifikationen, sind entscheidende Regulatoren der Transkription und der Erhaltung der Zellidentität. Während unser Wissen über zellspezifische Histonmodifikationen kontinuierlich gewachsen ist, wissen wir immer noch wenig über das Zusammenspiel zwischen Epigenetik und Transkription auf der Ebene der einzelnen Zelle. Um ein Verständnis für diesen Prozess zu erlangen, entwickelten wir T-ChIC (Transcriptome + Chromatin ImmunoCleavage), eine Methode zur Detektion von Volltranskripten und Histonmodifikationen in derselben Einzelzelle. Wir wendeten diese Technik auf ein in vitro-Modell der Gastrulation an und überwachten die koordinierten Dynamiken des Transkriptoms sowie aktiver und repressiver Histonmodifikationen, während sich embryonale Stammzellen von Mäusen in die drei Keimblätter differenzieren. Unsere Analyse zeigt eine keimblätterabhängige Kopplung zwischen Chromatinregulation und transkriptionalen Zuständen.