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Spartina alterniflora ist eine Exo-Recretohalophyte der Poaceae, die gut am Meer wachsen kann, aber die genomischen Grundlagen ihrer Anpassung an Salztoleranz sind unbekannt. Hier berichten wir von einem hochwertigen, chromosomalen Genomaufbau von S. alterniflora, der durch PacBio HiFi-Sequenzierung erstellt wurde, kombiniert mit der Hochdurchsatz-Technologie der Chromosomenkonformationsaufnahme (Hi-C) und illumina-basierten transkriptomischen Analysen. Der endgültige Genomaufbau von 1,58 Gb hat eine N50-Größe von 46,74 Mb. Phylogenetische Analysen deuten darauf hin, dass S. alterniflora vor etwa 21,72 Millionen Jahren (MYA) von Zoysia japonica abgewichen ist. Darüber hinaus scheinen Whole-Genome-Duplikationsereignisse (WGD) in S. alterniflora Genfamilien und Transkriptionsfaktoren zu erweitern, die für die Salztoleranz und die Anpassung an salzhaltige Umgebungen relevant sind. Vergleichende Genomanalysen identifizierten zahlreiche artspezifische Gene, signifikant ausgeweitete Gene und positiv selektierte Gene, die für 'Ionentransport' und 'Reaktion auf Salzstress' angereichert sind. RNA-seq-Analysen identifizierten mehrere Ionen-Transporter-Gene, einschließlich des hochaffinen K
Chen et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.