Eine offene Ressource: MR- und Lichtblattmikroskopie-Stereotaxiatlas des Mausgehirns

ZUSAMMENFASSUNG Wir haben MR-Histologie und Lichtblattmikroskopie (LSM) von fünf postmortem C57BL/6J-Mausgehirnen in einem stereotaxischen Raum basierend auf Mikro-CT kombiniert, was einen multimodalen 3D-Atlas mit der höchsten bisher berichteten räumlichen und Kontrastauflösung ergibt. Die Gehirne wurden in situ mit multi-gradient echo (mGRE) und Diffusionstensorbildern (DTI) mit einer Auflösung von 15 μm (∼ 2,4 Millionen Mal höher als bei klinischem MRI) bildlich dargestellt. Skalarbilder, die aus dem Durchschnitt von DTI und mGRE abgeleitet wurden, bieten einen beispiellosen Kontrast in 14 komplementären 3D-Volumen, von denen jedes bestimmte histologische Merkmale hervorhebt. Dieselben Gewebe, die mit LSM gescannt und in den stereotaxischen Raum registriert wurden, bieten 17 verschiedene molekulare Zelltypfärbungen. Die gemeinsamen Koordinatenrahmenlabels (CCFv3) vervollständigen den multimodalen Atlas. Der Atlas wurde verwendet, um Verzerrungen im Allen Brain Atlas zu korrigieren und ihn mit Franklin Paxinos zu harmonisieren. Er bietet eine einzigartige Ressource für die stereotaxische Kennzeichnung von Mausgehirnbildern aus vielen Quellen.