Die BTK-Hemmung treibt die Mobilisierung und die compartmentalen Veränderungen von CLL-Subklonen voran

HINTERGRUND Die chronische lymphatische Leukämie (CLL) zeigt eine Kompartimentierung, bei der genetisch oder funktionell unterschiedliche Subklone von CLL-Zellen ungleichmäßig zwischen verschiedenen anatomischen Standorten verteilt sind, hauptsächlich im peripheren Blut (PB), im Knochenmark und in den Lymphknoten (LN). Frühere Arbeiten zeigten eine Kompartimentierung genetisch unterschiedlicher Subklone (Sun, 2023). BTK-Hemmer (BTKi) mobilisieren CLL-Zellen aus den LN in das PB, was den charakteristischen behandlungsinduzierten Anstieg der Lymphozytose verursacht. Hier untersuchten wir Änderungen in der CLL-Kompartimentierung nach Beginn eines BTKi. METHODEN Paarweise PB- und LN-Proben wurden von Patienten gesammelt, die mit einer BTKi an der Studie (NCT01500733, NCT02337829) begannen. Whole Exome Sequencing (WES) und Bulk-RNA-Sequenzierung wurden an Proben von 65 Patienten durchgeführt, die entweder mit Ibrutinib (n=35; Basislinie und 24h oder 72h nach der ersten Dosis) oder Acalabrutinib (n=30; Basislinie und nach 96±20h Behandlung) behandelt wurden. Übereinstimmende PB-Proben wurden innerhalb von 3 Monaten vor der Behandlung und am selben Tag wie die in Behandlung befindlichen LN gesammelt. Die klonale Architektur und die Krebszellfraktionen (CCF) wurden mit SuperFreq analysiert, wobei PyClone-VI zur Validierung und Verfeinerung verwendet wurde. Um die variable Tumorreinheit der Proben auszugleichen, wurde die CCF der Subklone auf die CCF des Gründungsklons normalisiert. Subklone mit einer CCF von 5% und Verschiebungen ≥10% wurden als signifikant erachtet. Die Signifikanz der CCF-Verschiebungen wurde auf ≥20% festgelegt, wenn eine LN-Unreinheit die Ergebnisse verzerren konnte. Flussdiagramme wurden erstellt, um die klonalen Dynamiken zu visualisieren. Statistische Analysen wurden in R (v4.2.1) durchgeführt, wobei die Signifikanz auf P.05 festgelegt wurde. ERGEBNISSE Paare von PB- und LN-Proben, die sequenziell bei Basislinie und während der BTKi-Behandlung entnommen wurden, wurden für 19 Patienten analysiert, was 4 Tumorproben pro Patient ergab. Bei 13 (68%) Patienten stammten die LNs von ipsilateralen Standorten, und bei 6 (32%) von kontralateralen Standorten. Häufige Treibermutationen umfassten TP53 (n=9), NOTCH1 (n=8) und SF3B1 (n=6), einschließlich Mehrfachmutationen. SuperFreq identifizierte 2 bis 6 Subklone (Median 3) pro Patient. Vor der Behandlung wiesen 12 Subklone eine PB-Bias auf, und 14 Subklone hatten eine höhere CCF in LN als im PB. Während der BTKi-Behandlung zeigten 24 (39%) der insgesamt 61 verfolgten Subklone in 19 Patienten eine kompartimentale Verschiebung. Unter 10 Subklonen ohne Kompartiment-Bias zu Beginn verschoben sich 8 (80%) in das PB und 2 (20%) waren in den in Behandlung befindlichen LN häufiger als im PB. Die Mobilisierung in das PB, definiert als das Auftreten eines neuen Subklons oder eine Zunahme der CCF um ≥10% im PB, wurde bei 5 Subklonen bei 4 Patienten beobachtet (alle am Tag 4 der BTKi). Bei 2 Patienten stiegen die Subklone mit NOTCH1-Mutationen von 29%→39% und 61%→71%. Ein anderer Fall mit einem Anstieg der PB-CCF von 4,2%→20% war mit dem Gewinn einer ATM-Mutation im Subklon assoziiert. Von den 19 Patienten hatten 4 in den PB-Proben vor der Behandlung 1-2 Subklone, die um CCF≥10% abnahmen oder in den PB-Proben während der Behandlung nicht mehr nachweisbar waren. In diesen Fällen sank die mediane CCF im PB während der Behandlung im Vergleich zur Basislinie (Median -15%, P=.0032), was auf einen deutlichen Behandlungseffekt auf bestimmte Subklone hinweist. Nicht alle Subklone, die im PB während der Behandlung zunahmen, wurden in den entnommenen LNs nachgewiesen, was auf Heterogenität hinweist. In 6 Fällen (2 kontralaterale und 4 ipsilaterale Biopsiepaare) zeigten die LNs vor der Behandlung subklonale Verschiebungen |20%| im Vergleich zu den LNs während der Behandlung. Ipsilaterale Standorte enthielten oft mehrere LNs, was darauf hindeutet, dass unterschiedliche Knoten biopsiert wurden. Zusammenfassend heben diese Ergebnisse eine ausgeprägte Heterogenität zwischen PB- und LN-Standorten hervor und deuten darauf hin, dass jeder LN als eigenes einzigartiges Kompartiment fungieren kann, das manchmal verschiedene CLL-Subklone enthält, die nicht universell an allen Krankheitsstandorten geteilt werden. Viele Subklone verschoben die Kompartiment-Bias während der Behandlung, aber nicht alle in den LNs ansässigen Subklone schienen mobilisiert zu werden. Ein tieferes Verständnis der Kompartimentierung ist entscheidend, um die klonale Evolution zu verfolgen und das Verständnis von Behandlungsresistenz zu fördern.