Zusammenfassung Motivation Die Identifizierung paarweiser Assoziationen zwischen genomischen Loci ist eine wichtige Herausforderung, für die große und vielfältige Sammlungen von epigenomischen und Transkriptionsfaktor (TF)-Bindungsdaten potenziell informativ sein können. Ergebnisse Wir haben Learning Evidence of Pairwise Association from Epigenomic and TF binding data (LEPAE) entwickelt. LEPAE verwendet neuronale Netzwerke, um den Nachweis von Assoziationen für Paare von genomischen Fenstern aus großangelegten epigenomischen und TF-Bindungsdaten zusammen mit Distanzinformationen zu quantifizieren. Wir haben LEPAE mit Tausenden von menschlichen Datensätzen angewendet. Wir zeigen mit zusätzlichen Daten, dass LEPAE biologisch sinnvolle paarweise Beziehungen zwischen genomischen Loci erfasst, und wir erwarten, dass die LEPAE-Scores eine Ressource darstellen. Verfügbarkeit und Implementierung Die LEPAE-Scores und die Software sind unter https://github.com/ernstlab/LEPAE verfügbar. Ergänzende Informationen Ergänzende Daten sind online unter Bioinformatics verfügbar.
Kwon et al. (Sun,) haben diese Frage untersucht.