Key points are not available for this paper at this time.
Die anhaltende Revolution in der Hochdurchsatz-Sequenzierung demokratisiert weiterhin die Fähigkeit kleiner Gruppen von Forschern, die mikrobielle Komponente der Biosphäre zu kartieren. Insbesondere die Koevolution neuer Sequenzierungsplattformen und neuer Softwaretools ermöglicht die Datenerfassung und -analyse in einem beispiellosen Maßstab. Hier berichten wir über die nächste Phase in diesem koevolutionären Wettrüsten, indem wir die Illumina GAIIx-Plattform verwenden, um eine vielfältige Reihe von 25 Umweltproben und drei bekannten "Mock-Communities" mit einer Tiefe von durchschnittlich 3,1 Millionen Reads pro Probe zu sequenzieren. Wir demonstrieren hervorragende Konsistenz bei der taxonomischen Wiedererkennung und erfassen Diversitätsmuster, die zuvor auf der Grundlage von Metaanalysen vieler Studien aus der Literatur berichtet wurden (insbesondere die Aufspaltung in salzhaltige/nicht salzhaltige Umweltproben und die Aufspaltung zwischen hostassoziierten und frei lebenden Gemeinschaften). Wir zeigen auch, dass 2.000 Illumina Single-End-Reads ausreichen, um die gleichen Beziehungen zwischen den Proben wiederzugewinnen, die wir mit dem vollständigen Datensatz beobachten. Die Ergebnisse eröffnen somit die Möglichkeit, großangelegte Studien durchzuführen, die Tausende von Proben gleichzeitig analysieren, um mikrobielle Gemeinschaften mit einer beispiellosen räumlichen und zeitlichen Auflösung zu untersuchen.
Caporaso et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.