Arzneimittelinduzierte transkriptomische Profile erfassen, wie Verbindungen Gene und Wege über Dosis und Zeit umprogrammieren, und unterstützen Arzneimittel-Gen-Assoziationen sowie Interaktionsanalysen. Das Gebiet steht vor einem praktischen Engpass: GEO-Arzneimittelstudien sind verstreut, die Metadaten für Dosis, Expositionszeit und Zelltyp sind inkonsistent, und die Verarbeitungspipelines differieren, was die Wiederverwendung und faire Vergleiche einschränkt. Wir haben PharmGEO entwickelt, eine interaktive Shiny-Ressource, die 7.931 pharmakotranskriptomische Experimente über 1.334 Arzneimittel kuratiert und standardisiert. Schlüsselfaktoren sind harmonisiert, und alle Datensätze werden durch eine einzige Pipeline neu verarbeitet, was transkriptomweite Ergebnisse mit einem Durchschnitt von 17.776 Genen pro Experiment liefert. PharmGEO unterstützt interaktive differentielle Expression und Wegeanreicherung, priorisiert hochvertrauenswürdige Arzneimittel-Gen-Assoziationen unter Verwendung der Konsistenz über Datensätze hinweg und bietet ein richtungsannotiertes Netzwerk für Arzneimittelwechselwirkungen mit 115.264 Wechselwirkungen, abgeleitet aus transkriptomischem Überlappen. Fallstudien zur Zielvalidierung und Kombinationseinschätzung zeigen, wie PharmGEO das Wiederverwenden von Arzneimitteln und die Evaluierung von Wechselwirkungen ermöglicht, indem heterogene Studien in einen kohärenten, durchsuchbaren Atlas von Arzneimittelreaktionen verwandelt werden. PharmGEO ist verfügbar unter http://www.pharmgeo.net.
Chen et al. (Di,) haben diese Frage untersucht.